Cristòfol Despuig, l'home inquiet i polèmic

Va ser especialment crític amb el bisbe Ferran de Lloaces (1553-1560), amb qui es va enfrontar personalment el setembre de 1554. Durant els anys seixanta s'acaba la intervenció de Despuig al govern de la ciutat: per ordre el governador, quedava suspès del dret de prendre part en els afers la ciutat si era extret de les diverses bosses on figurava insaculat i, de fet, el 1566, 1568 i 1569 va sortir el rodolí de Cristòfor Despuig per formar part del Consell General, i en les tres ocasions fou desestimat per "ésser suspès pel governador". El 1561 comença una causa a l'Audiència per evocació perquè la ciutat, en fermança de Genís Vilanova (?). El 1563 va sofrir un atemptat a pedrades (a pedrenyalades) mentre anava pel carrer acompanyat per Pere Cerdà i Pau Terçà, i això va obligar a mobilitzar el sometent.

En estar apartat del govern municipal, va deixar Tortosa: el 1566 era a València, des d'on va atorgar poders notarials a la seua dona; roman uns anys al regne de València i el 1569 residia a Traiguera, exiliat, segons Josep Solervicens. El 1571 el rei Felip II li va fer una gràcia, el contingut de la qual desconeixem, però que va ser important per a ell, perquè va nomenar quatre procuradors perquè l'acceptessin en nom seu. Per anar acabant les dades biogràfiques, Salvador Rovira diu que no sembla que, com pensa Eulàlia Duran, Despuig fos un personatge solitari, sinó que més bé era estava apartat del poder contra la seua voluntat.